Zákon o registri partnerov verejného sektora rozlišuje rôzne typy porušení povinností uložených subjektom, na ktoré sa tento zákon vzťahuje. Za porušenie povinností podľa tohto zákona hrozí partnerovi verejného sektora finančná pokuta vo výške získaného hospodárskeho prospechu (v prípade, že sa nedá určiť hrozí partnerovi verejného sektora finančná pokuta až do výšky 1.000.000 EUR) a štatutárnemu orgánu alebo členom štatutárneho orgánu partnera verejného sektora finančná pokuta od 10.000 EUR do 100.000 EUR, pričom pri ukladaní pokuty registrujúci orgán prihliada najmä na povahu, závažnosť, spôsob a následky porušenia povinnosti. Pokuty sú príjmom štátneho rozpočtu.

Okrem finančného postihu vykoná registrujúci orgán aj výmaz zapísaného partnera verejného sektora z registra partnerov verejného sektora, ak registrujúci orgán právoplatne uložil pokutu za nesplnenie povinnosť podať návrh na zápis zmeny zapísaných údajov týkajúcich sa konečného užívateľa výhod v lehote ustanovenej zákonom alebo za porušenie zákazu výkonu úkonov podľa zákona o registri partnerov verejného sektora oprávnenou osobou podľa § 19 zákona a táto pokuta nebola v lehote určenej súdom zaplatená.

Významnou skutočnosťou súvisiacou s udelením sankcie je aj fakt, že právoplatné rozhodnutie o pokute bude zakladať právo štátu odstúpiť od zmluvy, ako aj to, že pri porušení povinností ustanovených zákonom zo strany partnera verejného sektora, štát nebude musieť plniť svoje zmluvné záväzky a nedostane sa do omeškania.